超純水のグレードを表すため使用される指標は複数あるが、いずれも水中の不純物を何らかの手法で評価しているに過ぎず、例えば「超純水度」といったようなものは存在しない。これは超純水の製造・管理・利用目的がほぼ産業用途に限られ、ある産業分野で最も重視される指標が他分野では仕様外となる場合すらあるなど共通の基準が必要なかった背景による。実際、同じ工場でもラインによって管理指標の項目や基準値が異なることも珍しくない。
製造された超純水は空気に触れさせたり、配管やタンクなどの中で停止させる事ができない。
これは、いかに清浄であっても空気に触れると、空気中の窒素や酸素、二酸化炭素などがヘンリーの法則に従って溶け込み、また流れが止まると配管がいかなる材質であっても管壁から微量の不純物が溶け出したり、貧栄養状態でも生育可能な微生物が発生したりする恐れがあるためである。
よって、実験室内で使う程度の小規模のものを除き、超純水はループ状の配管を常に流し続けることとし、ユースポイントを使用されずに通過した超純水は二次純水と呼んでそのままタンクなどに戻し、再びユースポイントへ行くことがないようにする必要がある。
二次純水は不純物の除去処理を行った後、再度ループ配管に循環させるか、一次純水と合流させる。実際には、超純水がユースポイントで使われて二次純水が減った分だけ、一次純水がシステムに補給されるようにして、一度超純水となった水を有効に活用しようとする場合が多いが、業界ではこの一次純水以降の超純水製造・供給システムを、二次純水が循環することを指した呼び名である「サブシステム」と言い表すことが多い。
超純水とは一定量の水が高度に精製された「状態」にある事を意味し、何等かの物質や核種を指すものではない。つまり「コップに採った超純水状態の水を飲用する」ことは可能だが、体内に入ったコップ一杯分の水を、超純水状態に維持し続ける事は不可能である。従って、飲んだ超純水が腸管粘膜に与える影響、というものは存在しない。歯の脱灰についても、砂糖の摂取や唾液による再石灰化と比較する限り無視できる。
普段飲用に供する水（水道水、井戸水、河川水など）と比較すると、それらが一般に溶解している物質（残留塩素や「ミネラル分」など）を含んでいないが、生体に必要な微量元素などは食物から供給されるものであり、長期間飲用したとしても欠乏することはない。 一方、いわゆる「おいしい水」との比較については、超軟水であること、溶存酸素がない事以外に特徴はなく、コーヒーやお茶を淹れると軟水で淹れた味になり、好みの問題となる。 水の味はおもに温度に影響されるため、クリーンルームの室温に合わせて供給されるユースポイントの超純水は「不味い」とする感想が多いというが、10〜15℃に冷やして比較すれば別の結果になると見られる。
これらとは逆に、ヒトの健康に対する利点を期待するケースもあるが、比較対照となる用水中に有害物質が含まれている場合を除き、プラセボ以上の期待は持てない。赤水や異臭についても安価な対策が多数存在し、あえて超純水を購入する必要はない。
なお、どのような水（を含む飲料）であっても、不適切な環境に放置すれば埃や雑菌など異物の混入が起こり得ることと、異物が混入したものを摂取すれば健康リスクが生じることは、例外なく共通している。
